高虹安當選新竹市長後，爭議仍如影隨形，至少有3件官司等著她說明，包括選前被檢舉詐領助理費，調查局在選後展開第一波偵查動作，1日約談高虹安立委辦公室前行政主任黃惠玟到案，追查有無「低薪高報」情形。

新竹市長當選人(眾)高虹安說：「今天我們贏得勝選，但是我們實際上沒有太多時間，可以沉浸在勝利的氣氛當中。」勝利的快樂，真沒持續太久，準新竹市長高虹安，入主市府前，至少3件官司等著她，首先面臨老東家資策會，兩項指控，高虹安任職期間違法兼職、以及論文侵害智慧財產權。資策會執行長卓政宏說：「我們會尋求法律途徑。」

資策會一口咬定，也將告訴狀送到北檢，高虹安博士論文，同時陷入抄襲疑雲，對此高虹安，發出聲明反擊，論文已在美國辛辛那提大學，再次審查後通過，官方函文證明，無任何研究不當，但高虹安選前遭爆助詐領理費，連同加班費上繳當做公積金，爭議也如影隨形。新竹市長當選人(眾)高虹安說：「公積金制度實際上是延續了，前面的立法委員辦公室的制度。」

這被解讀是影射，前立委李俊俋，而調查局選後也展開首波偵查，1日約談高虹安立委辦公室前黃姓行政主任到案，瞭解有無「低薪高報」問題，偵訊長達八小時，正是李俊俋當年助理。前立委李俊俋說：「我當了八年立委沒有公積金制度，至於高虹安辦公室是怎麼樣，現在已經進入檢調的調查程序。」行政院長蘇貞昌說：「司法的事情，由司法機關依照法律進行，該怎麼辦就怎麼辦。」選前爭議，進入司法程序，並未隨著大選落幕畫下句點。

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