全台民眾都在等待疫苗，不過分配到最多疫苗的台北市，卻傳出疫苗施打進度緩慢，甚至疑似為了「拚進度」，有診所開放給一般民眾施打疫苗。根據疾管署公布的統計數字，截至6月4日，鄰近的新北市疫苗都打完，一支不剩，但是當天，台北市卻還有2萬5千多劑，拼了幾天，恐怕目前還是沒有打完！台北市柯文哲，先說是因為醫護人員不打，後來又被民進黨立委爆料，疑似有診所讓一般民眾施打，民進黨立委要求柯市府要說清楚、講明白。

台北市長柯文哲說：「顯然醫院裡面的醫護人員也是在觀望，我倒覺得在醫院那些疫苗，要打就打不打乾脆繳回來算了。」台北市分配到的疫苗為什麼還沒打完？市長柯文哲先前說是因為醫護人員，在等莫德納疫苗，所以AZ疫苗施打進度才會這麼慢，9日又有民進黨立委指控，有診所偷偷開放，一般民眾來打疫苗。

立委(民)鄭運鵬說：「欺騙說是做檢查，指揮中心跟台北市政府必須要說清楚，這到底是怎麼一回事。」觀察中央截至7號為止，配發給台北市的疫苗數量最多，有14.1萬劑疫苗，新北市10.6萬劑，不過新北市在4號就全部打完，然而當天台北市卻還剩下17.79%，施打速度引發質疑，立委(民)羅致政說：「上有政策下有對策然後敷衍了事，甚至呢為了把這個數字美化，然後做了類似台北市這樣的一個做法。」

面對立委指控，北市衛生局長以開會為由暫不回應，強調以前一天記者會的說法為主，台北市衛生局長黃世傑說：「有點亂了一個步驟，不過原則上我們還是盡量，疫苗打在需要的的人身上。」全民都期盼，疫苗能夠快點按順序施打，而不是卡在台北市形成浪費。