《反滲透法》在立法院2019年12月31日三讀通過，但受到外界豬多質疑，前總統馬英九甚至批評《反滲透法》是「回到戒嚴」時期的法條。對此，陸委會今(1)日表示，對於疑似違法案件，行政機關只有函送的權責，個案是由司法機關做嚴謹的認定與判斷，「台灣是法治國家，對當事人的權益保障有完整的規定，相信司法機關會嚴謹地調查證據，依法審判。」 陸委會指出，三讀通過的「反滲透法」，是在最小必要範圍內，針對受境外敵對勢力指示、委託或資助，而為違法捐贈政治獻金、助選、遊說、破壞集會遊行及社會秩序、傳播假訊息干擾選舉的不法行為予以處罰，補充現行政治獻金法、公民投票法、遊說法及選罷法等法律，有助於強化民主防衛。 陸委會提到，「反滲透法」是自去年5月起，經過行政部門與立法部門共同研議、參採社會各界意見後所提出，聚焦於最核心的民主領域，針對國人普遍認為應該防範的滲透干預行為，在既有的法制基礎上進行規範。陸委會還說，根據條文，若主觀上對於滲透來源、滲透作為或不法行為並不具備認知，或者並沒有使其發生的意思，就不會受到處罰，更不會因為往來中國大陸或與「滲透來源」有所接觸就構成犯罪。 陸委會強調，反滲透法的規範內容具體明確，構成要件嚴謹，對於疑似違法案件，行政機關只有函送的權責，個案是由司法機關做嚴謹的認定與判斷，「台灣是法治國家，我們的司法獨立，現行刑事訴訟法及相關法令，對於刑事案件的偵查與審判，以及當事人的權益保障，都有完整的規定，我們相信司法機關會嚴謹地調查證據，依法審判」。