元旦總統府升旗典禮上午登場，許多民眾聚集在總統府前共襄盛舉，總統蔡英文開口唱完整首國歌，典禮結束之後，上午八點半總統發表2020新年談話，強調民主和威權無法同時存在一個國家，對於中國批評台灣三讀通過反滲透法，總統說解鈴還需繫鈴人，問題不在於訂立相關法律的國家，而是北京能不能停止滲透的行為。 總統蔡英文副總統陳建仁伉儷總統府秘書長陳菊，和台北市長柯文哲等一行人在總統府前舞台上向民眾致意，接著唱國歌，蔡總統開口唱完整首國歌，緊接著升旗儀式在六點半登場，2020年第一天，中華民國國旗飄揚緩緩上升，許多民眾聚集在舞台前一起感受這一刻，在鏡頭前，蔡總統和台北市長柯文哲兩人沒有互動，在典禮結束後，蔡總統在上午八點半發表2020新年談話，媒體也提問，就在前一天，中國國家主席習近平以澳門為例，說一國兩制完全行的通，總統蔡英文表示：「變動中的區域的情勢，那對任何的領導人來講設定時間表，其實是不可能也是不智的。」 而美聯社記者也好奇，反滲透是否會影響交流，總統蔡英文也表示，確實作為在中國壓力的第一線的台灣 ，而且是滲透跟介入活動不斷地，台灣我們確實是需要這一個法律，能夠讓台灣可以更安全。 蔡總統強調，解鈴還須繫鈴人，問題不在於立法律的國家，而是北京能不能停止滲透的行為，在2020年第一天總統在數十家媒體的鏡頭前重申中華民國國家主權不能被挑戰，台灣的民主自由不能被侵蝕，元旦一早總統也在總統府敞廳，發送春聯給元旦排隊參訪總統府的民眾，祝福大家新年快樂。