台北市長柯文哲今(28)日前往雲林，早上到斗南新厝寮六房媽紅壇參拜，而媒體問到關於總統專機私菸案，總統蔡英文昨(27)日終於道歉，柯文哲先嘆氣後表示，「積弊已深，坦白講辦不辦都很困難，要買到10008條的菸有多少人？後面的一牽連下去」，柯文哲接著又表示，「有些話不想公開講，總統旁邊站的那些人搶國營事業肆無忌憚，在過去兩三年中都在蛀食國家，這是冰山一角」。 柯文哲接著直接向蔡英文喊話：「你(指蔡英文)要辦到什麼程度？」，柯指出，政治文化風氣的改革沒有兩三年做不起來，更開炮，「看蔡身邊的人就令人搖頭，這沒效啦！」。 柯文哲強調，這問題(總統專機私菸)已經存在好幾年，「平常不處理，大家就已經得寸進尺，每個總統上任就先300條測試沒問題就買2000條再到1萬條」、「這一萬條香菸你(指蔡英文)要大屠殺，我看國安局、侍衛室一半以上的人都不見了，那你要怎麼辦？」。 柯文哲表示，這是典型的歷史共業，這種文化的改造不是一天可以解決，「你三年來都不處理現在要怎麼處理？這種案子辦到最後會很慘」。