蔡英文總統在元旦的新年談話質疑，兩岸如果不能真心合作防治非洲豬瘟，哪來的兩岸一家親，事後柯文哲雖然說，蔡總統的發言不是針對自己，但也說，兩岸之間有芥蒂，講什麼都沒用。上午柯文哲只說，芥蒂就是互相罵來罵去，但不願回應其他問題。 2019年的第一個上班日，台北市長柯文哲沒有公開行程，媒體還是緊跟著，要問他到底兩岸之間有什麼芥蒂，時間推回元旦，柯文哲參加總統府升旗典禮，和蔡英文總統互動不多，但蔡總統在新年談話中，提到了兩岸關係，還說了這幾個關鍵字，柯文哲不只一次喊出兩岸一家親，讓不少綠營支持者很感冒，因此總統的新春談話，引發聯想。 不過柯文哲說，應該不是針對自己，柯文哲直言，兩岸的芥蒂就是互相罵來罵去，但不願進一步回應，或許就擔心再度碰觸敏感的兩岸話題，在新年開始柯文哲謹慎以對。