行政院長賴清德今(29)日在中選會檢討報告後表示，這次選舉開票拖到隔日凌晨3點才完成，中選會事先未規劃周延，當下也未能有效應對，認為針對選務工作的執行面與法規面，該修法即應儘速修法。 賴清德也表示，未來選舉合併公投可能成為常態，請中選會針對公投案查驗連署、兩種投票程序同步的分流方式等，於一個月內提出逐項改進作為。 賴院長請中選會研提未來公投採「電子投票」（非網路投票）的可行性，非表示在下次選舉就要進行電子投票，但在公平、公正、公開的前提下，找出另一種可行途徑。 此外，賴清德強調，此次公投多項議題與行政院正推行的政策相關，行政院尊重公投結果，同時也會啟動各項政策檢討，表示未來行政部門在公投進行前，要讓民眾更清楚瞭解公投議題與政府部門的態度。 賴清德表示，此次投票為歷來規模最大、選務作業最複雜的一次，他再次感謝選務工作人員，也恭喜縣市長當選人，透過民主程序得到選民支持。