促轉會主委黃煌雄，發表辭職聲明，他表示前副主委張天欽鎖定侯友宜，他事前毫不知情，事後也不認同，不過這件事情，不但引發朝野對立，也使促轉會蒙上「東廠」汙名，為了轉型正義工程，讓促轉會浴火重生，決定主動請辭。 才和蔡總統一起公告撤銷，第一波白色恐怖時期有罪判決，促轉會主委黃煌雄隔天卻突然請辭，行政院發言人表示有心人士把促轉會抹黑成東廠，且對於促轉會和他個人過去所做的事，多所指責，讓他覺得是無法承受之重，再加上部分團體刻意操作、抹黑，讓促轉會推動轉型正義工程陷入困境，因此再次請辭。 賴院長雖多所慰留，但因黃主委辭意堅定，賴院長只能忍痛勉強同意，總統府了解也尊重黃煌雄的決定，黃煌雄在辭職聲明認為「912」事件破壞大局，使促轉會蒙上難以承受的「東廠」汙名，加深朝野政黨的疑慮與對立，整起事件源自一個非正式會議，討論的內容事前一無所悉，也和30多年來堅持的黨外精神不相容。 他身為促轉會主委責無旁貸，為了解開朝野不必要的政治僵持，決定主動請辭，希望讓促轉會浴火重生，追求的目標能夠延續，還說放下也是為了轉型正義工程。 時間回到9月12日，促轉會前副主委張天欽，被爆出在內部會議，點名當過警察的侯友宜，是轉型正義最惡劣的例子，結果錄音檔流了出來，黃煌雄三度鞠躬道歉，還是無法平息藍營立委怒火遭突襲踢館把東廠字樣貼在促轉會大門。如今正副主委都請辭下台，朝野反應兩極，促轉會說新主委人事案，尊重行政院安排，轉型正義的相關工作，都將持續進行！