此次內閣改組還有一個爭議首長就是法務部長邱太三，原本傳出他是要裸退，後來確定將轉任國安會諮詢委員。針對邱太三去職，凱達格蘭學校校長金恆煒認為，關鍵因素有兩個，一是得罪阿扁與阿扁的支持者，另一個原因則是暫緩執行死刑。金恆煒直言，民進黨已經體認到會不利年底大選，才會在此刻出手換掉法務部長。 中颱瑪莉亞才遠離台灣，內閣人事卻跟著颳大風，法務部長邱太三下台，獨派人士認為關鍵因素有兩個，一是「得罪阿扁與阿扁的支持者」，另一個原因則是暫緩執行死刑。 陳水扁保外就醫期間行動處處受限，屢屢踩中監紅線，金恆煒質疑邱太三所扮演的角色。距離年底大選不到半年，但阿扁以及支持者對民進黨選情，還是具有相當程度的影響力，金恆煒也觀察，蔡英文政府對廢死與否態度還不明確，而司法改革卻也可能影響民進黨選情，外界認為本次內閣改組是"戰鬥內閣"，不過拚的是施政還是年底大選，後續效應有待觀察。