中研院長翁啟惠因涉入浩鼎案在3月29號請辭，今天總統府宣布總統馬英九已經批准，上午府方由秘書長曾永權親自向翁啟惠轉達馬總統同意他的辭呈，三位副院長留任，並由王汎森副院長代理院長，直到新任院長產生，對此民進黨表示尊重總統職權，但馬總統任期只剩九天，也請他再斟酌。 上月底中研院生技園區上樑典禮，總統馬英九和中研院長翁啟惠同台互動冷冰冰，相隔12天總統府宣布馬總統，已經批准翁啟惠的辭呈，馬總統依據翁啟惠3月29號傳真請辭信函，同意請辭，上頭留有3月30號馬總統的批示，要翁啟惠回國報告再予處理。 下方則是最新批示，同意翁啟惠3月29日所提辭呈，三位副院長留任並由王汎森代理，翁啟惠辭職信兩度批示，成為「被請辭」關鍵。 但馬總統給翁啟惠的信函中指出，30號的批示是要翁啟惠回國報告，去留再由總統決定，還強調當時已進入「請辭待命」狀態，信函中也提到新任中研院長的推薦名單，惠要求中研院儘速安排三位候選人面談，並與總統當選人蔡英文共同決定人選，而對此民進黨表示尊重總統職權，但也質疑任期剩下九天，做出重大決定恐須對外說明，建議馬總統再為商酌。