柯文哲清查前朝開發案，總統府3天內5度發出新聞稿，撇清總統馬英九，當年任職市長時的責任，卻反遭柯市府公布，馬英九包攬大巨蛋決策過程的公文。 台北市長柯文哲回嗆馬，美河市、大巨蛋這種幾百億元的東西，「作市長說他不知道，哼哼，你自己去跟人民解釋吧！」 最讓柯文哲頭痛的大巨蛋案，柯市府統計，從招標公告到馬卸任前2個月與遠雄簽約，馬共簽了23份公文，完全包攬大巨蛋決策。 此外，這些重大決策都是由馬拍板決行，並有馬親筆簽名同意，而非副市長以馬簽名章代行。 此外，把關大巨蛋的甄審委員會，馬竟排除幕僚單位依法提報的建議名單，反而親筆寫下3位甄審委員及一位候補委員名字、頭銜及背景，交給台北文化體育園區籌備處聘任，包括正選的中央工學院院長李建中、台北體院校長楊忠和、東吳大學法律系教授劉宗榮，及備選的台大法律系教授王文宇。 而大巨蛋甄審委員會共有17位委員，依促參法規定，府外委員需有12人，馬除了欽點3名委員，還圈選當時甫從北市工務局長轉任台北縣副縣長的陳威仁，加上5名市府首長，馬共掌握超過半數的9位委員，已可完全主導甄審會。 柯市府幕僚說，甄審委員相當於大巨蛋開發商的口試委員，即使當時只有遠雄投標，也不代表非錄取不可。 但柯市府廉政委員會聽完8場甄審會議錄音發現，包括柯市府體檢小組對大巨蛋提出的營運、交通疏散、公安、都市計畫等問題，多位甄審委員在評選階段就曾提出質疑，卻在未獲明確回覆前，就讓遠雄輕騎過關，取得議約資格。 知情人士表示，柯市府在4月中旬提出大巨蛋體檢報告前，可望先行公布廉政委員會的調查報告，還原馬市府護航遠雄取得大巨蛋的過程，是否有涉及不法的前朝官員及相關事證，若有，將會一併移送交檢調偵辦，讓大巨蛋案重啟調查。