目前兩岸船舶運送業可直航進入我國港口，但交通部卻計畫進一步計畫開放大陸船舶「路過」。學者批評，政府為大陸船舶大開方便之門，大陸的軍艦、海警船或漁船將可進出海灣周邊海域，不僅增加國安為脅，也恐把台灣捲入大陸與鄰近國家的紛擾之中。 　　2008年12月開放兩岸海運直航，交通部在限制與禁止水域設置七個通過點、二十條指定航道，讓兩岸船舶運送業者可行駛進入我國的十三個港口。不過交通部最近預告修正，只要在24小時前填具進出航道預報表，大陸船舶可航經台灣限制或禁止水域。 　　台大教授認為，修正條文未定義「船舶」，形同開放所有大陸所有船舶，未來大陸的軍艦與公務船可掛五星旗，在我國海域暢行無阻。