經常關心國內政局的星雲法師，在佛光山記者會中親口表示，顧及政黨朝野間的和諧與台灣的深厚感情，他建議馬總統考慮，優待前總統陳水扁，赦免當兵叛逃的大陸經濟學者林毅夫，星雲坦言這想法已經思考很久了，也正式發函給馬總統參考，為的是希望社會能更和諧，減少朝野對立的關係。 　　佛誕節的記者會上，星雲法師表示自己除了是佛教徒，也是公民。面對朝野對立關係，他透過鏡頭，向馬總統提出自己的意見，也就是優待陳水扁。由於陳水扁身體屢傳不適，躺在擔架虛弱的模樣，看在支持者眼裡，更是捨不得。 　　提出去長庚檢查的要求，北監卻還沒下文，讓立委陳唐山質疑政府辦事效率，還有扁媽年紀大了，不想和兒子分離，哭的肝腸寸斷，這也成為朝野間對人道的做法，互相爭辯。 　　到底該怎麼做，星雲法師這麼說，建議總統給他多一點空間，促進社會和諧，還有大陸經濟學者林毅夫，當年因為叛逃罪離開台灣後，就被限制入，無法回台灣也無法祭祖。對於這兩人處置，星雲法師提出比較和善人道的想法，也強調法制固然重要，但解決政黨問題，法制似乎也不是唯一途徑。