宇昌生技案引發藍綠炮火，兩黨總統候選人都親自上前線互批對方，這個案子雖然呈現兩黨各說各話的情況，相關資料卻顯示，和當年吳乃仁的鐽震案有很多相同之處，包括動用數億的政府基金，投資民間企業，以及應該擔任監督角色的政府官員，親自去向民間公司董事長報告。 　　握手、拍照，這是宇昌生技宣布成立時的畫面，大家笑得很開懷，但這個以鼓勵發展台灣生技產業名義而成立的公司，卻有可能變成綠營執政另一個官商不分的案例。 　　邱毅：「波紋特效之後接到底有沒有下令，秘密籌設鐽震公司」，陳水扁笑笑沒有回應，這個由當時的行政院副院長邱義仁、吳乃仁成立的鐽震公司，對外的宣稱的主要業務，是鼓勵台灣企業生產國防相關武器。 　　是不是違法，還有待司法單位處理，但是鐽震和宇昌都是由當時的卸任官員擔任董事長，除此之外，兩個案子還有不少相同之處，同樣都是在民國96年12月，經建會派了人到蔡英文家裡協助處理相關程序，而國防部軍備局長吳偉榮也多次到吳乃仁辦公室簡報鐽震案。 　　第二個相同的地方，是兩個案子都是動用政府的錢，但官股比例都沒有過半，由民間人士擔任董事長，第三個相同的地方，是政府先出一筆錢成立公司，接著再讓政府基金投入大筆金額，隨著宇昌案資料不斷曝光，藍綠雙方必須理性對待，讓證據來說話。