隨著新型流感疫情持續擴大，外界質疑馬總統為什麼遲遲不啟動國安機制，總統二十九日的治國周記講的就是這個問題，表示在二十七號就找來防疫專家，綜合各方意見後決定，不啟動國安機制，以免造成恐慌，但是為了讓民眾安心，國安會裡將成立專案小組，直接跟疫情中心聯繫。 　　

不輕易啟動國安機制，馬總統把防疫比喻成戰爭，要開第一槍得審慎決定。先在國安會裡成立專案小組，馬總統這個決定，並不是個人意見，而是這個月二十七號，跟防疫專家開會之後的結果，總統說，專家也認為啟動國安機制，或者是發布緊急命令，都容易造成民眾恐慌，暫時還沒這個必要，只不過專家學者的意見跟一般民眾的期待有多少落差，還得打上一個大問號。