首長特別費，南北檢方卻做出截然不同的處分，面對四月三日馬英九特別費案，台北地院即將首度開庭，公訴檢察官強調，雖然南檢特別費不起訴，但不代表馬英九特能平安過關，而法務部表示，將在四月對特別費偵辦提出統一見解，但進入法院審理的案件，要尊重法官審判。

　　馬英九因為在擔任台北市長期間，首長特別費的支用方式，遭到檢方依貪污罪嫌起訴，即將在下個月，四月三日，首度開庭審理；而同樣是首長特別費的使用，台南市長許添財卻獲得不起訴處分，不過馬英九特別費案的公訴檢察官黃惠敏表示，這並不能代表馬英能平安過關。

　　不過同樣的案件，卻有不同的起訴結果，黃惠敏認為基於檢察一體原則，法務部應該要做出讓檢方參考的法律見解，法務部長施茂林在立法院備詢時表示，已經請檢察總長召開檢察長會議，在特偵組成立一個月內，統一偵辦基準。特偵組三月底成立，也就是說四月底前就會提出共識，來處理其他偵辦中的首長特別費案，不過這並不影響已經偵結起訴的馬英九特別費案，入法庭審理後，還是得看檢辯雙方提出的證據，及法官的見解，做出最後的判決。