受到台北市長任內特別費案件的影響，國民黨主席馬英九問鼎2008的目標可能受阻，國民黨秘書長吳敦義今天表示，一旦遭到起訴，馬英九會主動辭去黨主席的職務，雖然馬英九到現在還沒宣佈參選，但是吳敦義強調，馬英九幫國民黨贏回政權的使命感沒有改變。

　　特別費案件的偵辦進度，成為國民黨主席馬英九展望2008的一塊絆腳石，一旦遭到起訴，國民黨方面強調，馬英九會依照黨內制度，辭去黨主席的職務。

　　一旦遭到起訴，馬英九已經做好準備，但會不會透過國親聯盟平台或是其他方式參選，國民黨態度很保留，但也強調英九幫國民黨贏回政權的決心沒有改變。
　　
　　國民黨在特別費案件力挺馬英九，馬英九個人也積極尋求其他管道的協助，九日上午特別前往台北市仁愛路，拜會榮譽黨主席連戰，交換意見。