這次民進黨不但贏得高雄市長選舉，在台北市的選票更是大幅成長，部分學者認為，民進黨在聲勢相當低的情況下，卻還能有這樣的表現。可見台灣藍綠結構已經是根深蒂固，不容易因為短期的政治因素而改變。而這次選舉結果對國民黨來說是一大警訊，因為國民黨在二○○八年的總統大選已經不可能穩操勝券，就算是馬英九出馬，也一定會選的非常辛苦。

一向民調落後的陳菊,最後竟然以黑馬之姿，贏得高雄市長寶座，而民調始終不到三成的謝長廷，雖然落選，但卻拿下了40.89%的選票，比起上次李應元，足足多出五個百分點，民進黨在聲勢最低落的時候，還能有這樣的表現，學者認為，這對國民黨是非常嚴重的警訊。

游清鑫表示，國民黨太過輕敵，一方面無法爭取到淺綠的選票，一方面自己該拿的票也沒拿到，才會導致這樣的結果。另外也有學者認為，儘管民進黨深陷國務機要費以及第一家庭的風波當中，但綠營的基本盤不但沒有鬆動，反而在台北還有成長，這次結果突顯出台灣藍綠二分的結構已經是根深蒂固。

另外由於這次國民黨沒有得到預期的選票，黨主席馬英九不但會面臨輔選成效不彰的挑戰，超高人氣也將再度受到考驗，加上綠營基本盤如此穩固，而謝長廷又是以英雄之姿敗選，因此國民黨再也沒有資格說二○○八年總統大選，一定穩操勝券。

洪裕宏表示，這次選舉有絕對的指標意義，因為當台灣藍綠結構如此明顯而又如此穩固的情況下，無論是藍綠陣營都面臨到嚴重的困境，無論是國民黨還是民進黨，都必須付出更多的努力，來爭取認同。最後才可能以些微的差距，贏得總統大選。（記者陳信隆、陳信聰報導）