沒有在一個月內完成追討黨產公投案的審議工作，民進黨轉而向行政院投出訴願，結果行政院的訴願委員會速審速決，判決追討黨產是合法的。對於綠營的做法，公投審議委員會的國民黨代表很不以為意，批評民進黨跳過公審會的做法根本是越權，要提出行政訴訟。

　　行政院訴願會二十號提出決定書，認定民進黨提出的追討不當黨產公投案合法，讓民進黨可以依法展開第二階段連署，訴願會跳過公審會的做法，引起在野黨不滿。遭到在野立委砲轟，公投主管機關行政院仍表示尊重訴願會，而游錫坤則認為公審會沒有依照法時間審查，才是違法。

　　對於民進黨主席游錫坤的說法，公審會國民黨籍委員拿出總統聘書，指證歷歷。對民進黨的做法很不滿，國民黨代表廖風德表示將提出行政訴訟。由於第二階段需要超過八十二萬以上的人連署，公投案才能成立，民進黨希望趕在二○○七年的立委選舉一併公投。國民黨了解民進黨的用意，在這次審查案還是充滿了藍綠攻防。