總統府國務機要費，到底有沒有虛報，檢方查證國務機要費的單據和核銷過程，對於外傳的兩千萬假發票，不願證實，不過總統府發佈新聞稿表示，陳水扁總統願意以負責任的態度，親自向檢調單位說明。

　　審計部在上個月底進入總統府查國務機要費，卻發現其中有許多可疑單據，經過將近一個月的整理後，將這些資料，移送給高檢署查黑中心調查，而檢方也證實，確實已經向相關人士初步查證。調查人員清查國務機要費核銷單據，傳出有高達兩千多萬的假發票，其中包括君悅飯店、國賓飯店，和SOGO百貨，可能涉嫌假消費、真核銷，不過SOGO百貨極力澄清。而總統府也發佈新聞稿，澄清國務機要費的爭議，希望不要以訛傳訛，影響政府威信，陳總統會親自向檢調單位說明，並希望國人了解國務機要工作的複雜性，絕對沒有中飽私囊的情況。

不過總統府國務機要費的使用，到底有沒有涉嫌虛報，檢方低調表示還在偵查中，不排除約談掌管國務機要費的總統府機要陳鎮慧，協助調查。