扁馬在極其敏感的統獨議題上交鋒，有此一說，陳總統的廢統說，馬英九幫了最大的忙？是這樣嗎？是在馬英九提出終極統一論之後，陳總統接著提出考慮廢除國統會的構想，又在國民黨刊出尊重台灣人民獨立選項的廣告之後，陳總統更借力使力，他說那國統綱領更沒有存在的必要，不過馬英九說，如果陳水扁總統要曲解他的意思，是不會成功的。

　　出訪英國，一句台獨可以是人民選項，被陳總統拿來當作廢國統綱領的充份條件，不過馬英九反批是總統府惡意曲解。為了台獨選項，馬英九不知道澄清過多少次，但有雜誌報導，馬英九在海外拋出台獨選項議題，是身邊的幕僚東拼西湊，給了錯誤的建議，才讓陳總統借力使力，用台獨選項幫廢統解套，馬英九完全否認。

　　出面幫幕僚緩頰，馬英九承認在倫敦的演講不甚滿意，扁馬在統獨議題頻頻過招，馬英九除了澄清，能做的真的不多。(彭仁鐸 游美成)