馬英九除了要拿出魄力整頓黨內形象之外，另一頭他要解決的，是黨內的財務問題。他才上台半年，大動作不斷，不但將在年後裁員將近五百人，現在就連前主席連占擔任董事長的智庫，也有可能經費面臨大幅縮減、斷炊的窘境，連馬關係，再度引發外界聯想。 　　財務吃緊，國民黨不但黨部大樓要賣，連智庫經費也大刪六千萬。馬英九改革改到了連戰擔任董事長的智庫，外界解讀，連馬關係持續緊繃。馬英九強調，整併智庫情非得已，不過他也將巡視智庫了解情況，然而連戰事先卻不知情。 　　開源節流處理黨產，馬英九動作不斷，二月底前還要裁員四百六十人，兩年之內更要將黨工人數刪掉只剩三百人，包括一級黨務幹部也將一併申請優退。而這一波人事調整，副主席林澄枝已經表達強烈辭意，包括盧秀燕和吳敦義都是外界矚目的接任人選，走馬上任才半年，馬英九排除雜音，翻修百年老店，展現改革決心。