2006年的元旦升旗典禮即將到來，主辦的中小企業協會理事長戴勝通表示，這次照例邀請各黨主席一同來參加。特別的是往年以台北市長身分參加的馬英九，今年將以國民黨黨主席身分出席，並和陳總統站在一起，一同升旗。 　　這是民國九十五年元旦升旗典禮當天，將會上場的表演，不僅民族舞蹈，還有武術表演。而例行的北一女中景美女中樂儀隊表演，也是升旗典禮中不可少的節目。主辦單位表示，這次照例總統副總統及五院院長都會出席，而政黨主席也都有受到邀請，特別的是台北市長馬英九已經答應將以國民黨主席身分出席，並和總統副總統站在一起升旗。 　　馬英九過去以市長身分出席，參加升旗典禮的位置是和總統分開，這次扁馬站在一起參加升旗典禮，兩人的互動將成為各界關注的焦點。戴勝通表示，當天早起參加升旗的民眾，還會收到限量的禮物。 　　元旦升旗典禮將在上午五點半開放民眾進場，六點三十分舉行升旗儀式。為了方便民眾參加升旗典禮，總統府週邊的公車將在凌晨四點半發車，台北捷運當天將提供二十四小時發車，希望提供民眾最方便的服務。