民進黨內派系的敏感神經，也再度被挑起，民進黨中常委蔡同榮為呂副總統說話，他澄清副總統沒有主動爭取代理職務，更別提事先串連，不過新潮流系還是重砲抨擊，不只呂副總統該負責，當時提名他的中常委周清玉也該負責。 　　當選代理黨主席那天，呂副總統說意外，沒什麼人相信，還被質疑是刻意安排的，現在請辭，又被批評，也有意參選的中常委蔡同榮，出面為她伸冤。釐清了當選過程，卻釐清不了辭職聲明中，把扁呂心結搬上檯面，還把派系鬥爭公開化，無疑是要向黨內宣戰。的確，同一天的新聞版面，藍營正在整合，綠營忙著內鬥，看到這樣的局勢，一整天民進黨各派系都在開會因應。