國大職權行使法除了門檻過高，還有一項規定，引發違憲的爭議。因為條文當中規定，如果有國代投廢票，或者是投下和政黨不同立場的票，都會被認定為反對票，並且納入總額計算。法律學者指出，這種規定已經讓國代有偷跑的空間，形同欺騙選民。 　　澄社、民間司改會等社團，大動作召開記者會，強烈抗議立法院通過，國大職權行使法，嚴重違憲，到底有多不合理?看看這條規定，廢票納入總額計算，只要國代在投票時缺席，或污損選票被認定為廢票，通通被視為投下反對票，立刻造成重大矛盾，也就是在修憲立場上，是贊成的國民黨，黨籍國代如果因此被認定投下反對票，直接違反憲政原理。