最近上任的謝內閣，所面臨的挑戰主要自三個面向，首先是政黨和解，乃至政黨合作路線的實踐，這對台灣的政治人物和選民都是新生的事物，光是想像不同意識型態的政黨能合作，可能是什麼樣態都非常困難的，這種政治文化的轉化是謝內閣的最大挑戰。 　　過去政治的輸贏相當簡單，誰有多數，誰選贏總統，但是陳總統第二任的政治輸贏卻在於政策的推動：誰主張兩岸直航不重要，重點是民進黨政府能否有一個在主權與兩岸交流間平衡的政策；同樣的，誰能選贏立法院長可能也不是重點，而是如何透過立法院長選舉、監察院的同意權行使，將黨派主導的立法院轉化為一個多黨流動合作的聯盟平台。 　　謝內閣的第二個挑戰，則是在兩岸關係的發展上，媒體都認為週末春節包機直航是一個突破，樂觀看待兩岸關係進入了春暖花開的階段，但是北京訂立「反分裂法」的陰影卻是不遠，三月的立法已經不是會不會的問題，而是內容範圍寬鬆的問題，兩岸關係將進入「反分裂法」時代，從這個角度來評價春節包機，乃至後續定期包機的可能性，都會發現這會對台灣政治、經濟、社會文化有長期的衝擊。 　　「反分裂法」加上「包機直航」已經成為兩岸關係的新菜色，謝內閣必須去平衡直航的內外衝擊，表現在處理一中原則上：中共賈慶林在江八點十週年提出新的「一中三階段論」，強調「尚未統一」的現實，但並未定義「中華民國」的角色，尤其在內外有別的策略下，國際媒體會認為這些說法只是調子軟了，基本立場並沒有改變。 　　所以三月「反分裂法」的立法才是真正的角力，卻為台灣內部的政黨和解提供了外在壓力，如何在反台灣被併吞的共識上，建構不同政黨合作的兩岸平台，是考驗謝內閣的整合能力。 　　最後，則是民眾信心的建立。陳總統第一個任期可以說是選票擴張，具體的成果是兩千零四年總統選舉民進黨選票過半。第二個任期追求的不在於民進黨獨大，而是政績的推動，從民主權利的追求，進入民主競爭力的階段，謝內閣必須證明，除了收割選票的能力之外，也有動員台灣民心的能力，這才是台灣競爭力的核心所在。創造政黨合作的成功模式，因應兩岸關係的新格局，動員台灣的民眾信心，可以說是謝內閣的三大挑戰，更是政府能否長期施政順利的關鍵指標。