總預算案出現重大轉折，原本在立法院二讀時，刪除歲入一千多億元，造成歲入、歲出短缺高達七百多億元，不過這一刪可能就會影響到行政院施政，經過行政院和立法院的協商後，總預算最後決定由朝野共同提出覆議，大幅刪減歲入預算，把歲入跟歲出的短缺縮小到十億多元，讓總預算最後才拍板定案。不過審查的過程可以說是一波三折，期間不但行政院長游錫堃曾經到場關切和黨團協商之外，經過朝野之間的激烈攻防一來一往之後最後凌晨才讓總預算案正式過關。