真調會到底要如何運作？依法它有權對所有機關團體，包括正副總統進行調查，並且還能調用檢察官，不受原屬單位監督。三個月內真調會必須提出報告，再交由高院判決。不過這樣的運作，也引起法界人士抨擊，認為由立委指揮檢察官辦案，根本不符體制，而且可能引發政治干預的弊端！