由於爭議票不斷增加，國民黨把矛頭指向高達三十三萬張的廢票，找來中研院研究員分析，強烈懷疑執政當局作票。不過，民進黨提出反駁，強調在司法還沒做出判決之前就隨便發表評論，造成人心不安，是不負責任的做法。 　　國民黨找來中研院研究員馬志恆提出專案報告，他拿出厚厚一疊資料，分析在這次總統大選中，高達三十三萬張的廢票到底從哪來？他懷疑和執政當局作票有關。尤其在驗票過程中，爭議票不斷增加，更讓泛藍陣營認為，除了公投綁大選造成的結果，作票的可能性也不能排除。張俊雄呼籲國親尊重司法，不要企圖製造翻盤的假象。