南台灣包括嘉南、高高屏和台東縣，在320開票，扁得票2223585，連戰得票1592319，無效票有94705。今天驗票作業是狀況頻傳，屏東東港145開票所，原本登記一號陳呂得票數有549票，今天驗票後，卻只有349張票，缺少了200張票。 　　高雄驗票不但出現40張爭議票，在接近傍晚時，又傳出有一個投開票所的未領票與剩餘票，結果出現450張的差距，讓大高雄地區的驗票選情，呈現變數。另外嘉義警方一早上因為要把票匭搬到縣警局三樓驗票，偏偏縣警局又沒電梯，員警扛著票匭爬樓梯，滿身大汗，足足耗費兩個多鐘頭才搬完，台南地區的驗票作業最緩慢，一直到下午，還在核對選舉人名冊。