這起群眾衝撞總統府的意外事件，也引發了北市和中央的對抗。就在警方展開強力驅離前，內政部緊急傳真了一封公文給台北市政府，限時在凌晨一點之前淨空府前廣場。但台北市府馬上回批，指稱內政部不是台北市的主管機關，沒有立場要求，引發中央與地方的角力。 　　另外深夜還有一名身穿軍裝、自稱海軍上校的男子，出現在抗議場合。不過海軍總部立刻表示這名男子已經退役，目前任職中科院，因為參加違法集會，將會被懲處。就是他，自稱海軍軍官，三二Ｏ當天因為國安機制啟動，無法投票。敏感時刻，如此發言，海總立刻清查他的身分。 　　告定了，因為這場抗爭，同樣關係緊繃的還有中央與地方。昨天深夜十一點五十分，內政部長余政憲電告馬英九，限時凌晨一點，淨空府前廣場。行政院秘書長劉世芳也曾打電話，認為四Ｏ三集會失控，已經變成壞榜樣，希望馬英九取消下禮拜國親陣營的四一Ｏ集會。取消不取消？身兼台北市長和國民黨副主席的馬英九還真為難。