元旦升旗典禮，照例在總統府前舉行。陳總統在元旦祝詞中，則呼籲兩岸領導人，應該建立和平穩定的互動架構，重申絕不會片面改變四不一沒有的各項承諾。 　　在國歌聲中，雖然元旦清晨的氣溫偏低，不過陳水扁總統和呂副總統，還是精神奕奕的在總統府前參加元旦的升旗典禮。升旗典禮是在六點半準時開始，陳總統和呂副總統及五院院長等人，在六大工商團體總幹事的陪同下進場，與勞工代表和現場上萬名群眾一起參加升旗儀式。在升旗儀式結束後，陳總統也和政府官員及勞工代表們走上主席台，一同欣賞三軍儀隊等團體的精采表演。