台北市長陳水扁在上午九點主動到台北地院出庭說明。在大批法警維持秩序下，陳水扁被安排到二十法庭等候。陳水扁等了近半個小時，台北地院法官李吉祥才到庭訊問。庭訊中，法官要陳水扁站在被告席前，依訊問一般被告方式進行，並沒有給予任何禮遇。 　　法官一再訊問陳水扁在立法院八十八會期撕選票的細節，並提出多項證人指控。但陳水扁一再強調，依據三權分立原則，法院無權過問國會內部事務；法官馬上反駁，指妨害公務案是否成立，應該由法官認定。雙方針鋒相對。庭訊進行半個小時結束，陳水扁在大批群眾聲援下步出法院，仍然強調本案為政治案件。 　　下令拘提陳水扁的法官李吉祥則說：「法律之前，人人平等。」何況陳水扁妨害公務案是由立法院移送，陳水扁被傳廿五次不到，顯然不尊重司法。此外，有法政學者認為，陳水扁故意選在拘提期限後出庭，顯然藐視司法。司法界人士指出，陳水扁這次面對司法的態度，相信社會自有公斷。