由於日本與中共在北京簽訂「民航協定」，政府立刻宣布與日本斷航，雙方航班必須於隔日下午後全面停飛，所有日本飛行器禁入台北飛航情報識別區，來往兩地之間的旅客只能改搭其他航空公司班機，松山機場日本航空櫃檯只剩下少數工作人員進行撤離工作。