馬太鞍溪堰塞湖溢流，洪水夾帶砂石灌進市區，造成光復鄉多處農田、住家慘遭掩埋。有居民質疑馬太鞍溪南岸堤防有2個大缺口，分別有2家砂石場，推測大水應該是從堤防缺口灌入光復鄉市區。對此，水利署指出，缺口是為堤後排水做的開口堤，在這次災前已完全封堵，這次有一處堤後坡受損，將在2週內完成搶修。

馬太鞍溪堰塞湖數度溢流，大片砂石和黑泥，衝出河道外灌進市區，覆蓋住原本的農田和住家，就有居民質疑，馬太鞍溪南岸堤防，有2個大缺口，分別有2家砂石場，推測大水可能就是從堤防缺口，灌入光復市區，當地居民說：「有兩個砂石場，之前颱風的時候破的，有一次有一個颱風，也是從那邊(砂石場缺口)，有倒灌進來一些水。」

從地圖上來看，並非所有沿線堤防，都有連接在一起，其中就有三處缺口，旁邊還有砂石場，不排除洪水就是從，這幾個地方湧進市區，台灣東社發言人陳財能說：「告示牌上面就清楚地畫出，那個河川的斷面圖，就是有兩個缺口，一般河川的疏濬，不會把河堤破壞掉，然後讓砂石車，讓器具車進出河床。」

而疏濬工程承包商，過往爭議也被起底，媒體人溫朗東指出，馬太鞍溪施工看板完工日期，民國年和西元年「不符」，還曾在2005時，遭控恐嚇競標對手廠商，同年還透過圍標手法，得標「玉東圳二支線等改善工程」，2011年更被指出，因為參與圍標，讓其他廠商得標，涉案多人依「貪污治罪條例定罪」。

而位在缺口處的砂石場則澄清，開口設計存在已久，砂石場業者說：「它原來就是南邊就有三個開口堤，60年代的時候就有，它完全不是從開口堤進來的，把那個橋樑沖斷了以後，就直接流到這邊，原來河床就很高了啊，啊所以說你那個擋在那邊，你看那個水泥塊。」

面對各界質疑，水利署九河分署副分署長陳世峰接受平面媒體訪問時表示，砂石場跟堤防2處缺口無關，這次溢流流量超乎堤防設置的，防洪標準近4倍，經濟部水利署副署長陳建成說：「那兩個是我們在常設的一個，為了堤後排水作的開口堤，災前的部份我們都已經有完全封堵，那我們不只封堵，連堤防我們也都有去加高，甚至堤腳也都有去補強。」

由於這次溢流事件，造成重大死傷，花蓮地檢署已經在9月24日，主動分案偵辦此事，調查是否有人為疏失。