台灣歷史博物館除了豐富的歷史文物，在園區外也有一些珍貴的保育鳥類，充滿自然生態的教育題材，為了保育珍貴鳥類成為安南區新的觀光題材，在地議員邀集相關單位，共同催生台灣歷史博物館生態友善園區。

台灣歷史博物館除了是介紹台灣數百年歷史，充滿知識跟趣味的親子景點，也因為這有水雉、環頸雉等二級保育的鳥類，甚至有一級保育的貓頭鷹，證明這裡的大自然生態維持了相當的好，所以在地議員跟地方保育團體希望催生台灣歷史博物館的區域朝向生態友善園區。

因為園區很大，議員為了釐清權責，也邀集體育、工務、水利、農業等局處來研議，日後交給台灣歷史博物館來做環境的維護管理。台灣歷史博物館原本就是融合歷史文物跟自然生態的綜合園區，透過政府跟民間合作，為台南的保育盡一分心力。