針對海軍敦睦艦隊爆發官兵確診感染新冠病毒，高雄市衛生局以及環保局，一早就派人前往左營軍區附近進行消毒，範圍包括漢神巨蛋、瑞豐夜市、義大商城、家樂福鼎山店、好市多大順店、四維羽球場、小港郵局衛生局表示，市府多個局處已經動員，除了環境與交通工具的消毒作業，也請醫師公會展開疫調，而其中確診的398案例，4月15日回台後，就回屏東住家，只停留一個小時，就又再度返回軍中，他在18日被送往負壓隔離病房治療，而接觸過的4名家人，也正在進行居家隔離。 清潔隊大批人馬，在左營海軍軍區進行消毒，從軍區內會客室，到軍區外圍附近店家騎樓，以及左營舊城火車站等等，因為海軍敦睦艦隊爆發，官兵確診感染新冠病毒，艦隊700多名官兵被緊急召回，全部安排入住7處檢疫所。 高雄市府多個局處大動員，交通局針對大眾運輸系統，以及計程車的消毒工作，衛生局也請各大醫院診所，開始進行疫調。高雄市衛生局長林立人說：「4月20日到5月初或者4月底這段時間，我們會責請我們轄區的醫療院所，一定要加強詢問，有沒有這段時間的接觸史。」 而其中確診的398案例，在4月18日送負壓隔離病房治療，根據疫調，他在4月15日隨艦隊返台回到高雄，接著自行騎車回到屏東住家。屏東縣衛生局副局長張秀君說：「回家他只短暫的停留一個小時，那當時家中有四名家人，那也沒有做親密的接觸那之後呢，他就又騎著車返回軍中，他這四位的家屬都已經收案，成為居家的隔離對象。」因為有境外移入確診個案，屏東縣環保局上午，針對相關路段與區域進行消毒，衛生局表示，案398名並沒有進行任何社區活動，請民眾不要恐慌。