中科開發出現問題，台北高等行政法院裁定，在彰化二林相思寮農地行政救濟裁判確定前，中科四期開發案必須暫停執行，另外一個引發高度爭議的中科三期七星基地開發案，法院也裁定必須停止執行，中科及國科會不排除向法院提出抗告，但也坦承因為徵地爭議的問題，已經有三、四家廠商說，要重新評估在中科設廠的可能性。 　　

中科四期開發在彰化相思寮遇到抗爭，高等行政法院日前裁定，必須暫停執行整個開發案，等待相思寮行政救濟裁判出爐，中科和國科會坦言很難接受結果，就算很難接受，還是得尊重法院判決，也就是說，官司沒有告一個段落之前不得開發，而行政救濟流程大約兩到三年，在這期間中科四期多項前置工程，有的已經發包陸續動工，現在得全部暫時喊停，已經影響廠商進駐意願。 　　另外一個引發高度爭議的中科三期七星基地開發案也遭遇同樣的命運，法院裁定，國科會所做成的開發許可也必須停止執行，另外也要求環保署在還沒通過環評前，必須先命令中科管理局，停止開發，法院做出的決議，已經造成損失中科和國科會不排除提出抗告，但尊重法院，收到裁定之後，會立刻停工，中科的開發受到嚴重影響。