3日花蓮地震當天，日本沖繩也受到影響，一度發布海嘯警報，日本航空自衛隊也證實，當天沖繩那霸的自衛隊基地，還緊急把戰機疏散到高處。

日本航空自衛隊那霸基地公開照片，顯示3日地震當天，因為當地發布了海嘯警報，所以他們把大批F-15戰機和軍車，都疏散到地勢較高的地方。照片中能看到超過10架F-15排成一列，停在當地的公路上，場面壯觀。其實自衛隊在2011年，311大地震的時候，也曾經這麼做，當時自衛隊大批戰機嚴重受損，有一部份還得花上好幾年才修復完畢。航空自衛隊的聲明還指出，當天除了疏散這些戰機，同時為了確認先島地區的受損狀況，也讓戰機緊急升空，同時強調，他們保護相關裝備的同時也是在防衛日本西南區域，就是為了隨時因應這種預料之外的情況。