受到強震影響，雙鐵和公路疏運一度受到影響，高鐵5小時內疏解人潮，台鐵則在16小時內修復蘇澳到鳳林站的軌道，在今(4)日一早讓東部幹線恢復雙線通車；公路部分，則因為蘇花公路受損嚴重，還在搶修當中。這當中關鍵的「下清水橋」，公路局預計要建造臨時便道，4月6日先搶通，讓小客車來通行。

一大早旅客提著大包小包，要搭火車返鄉祭祖，尤其台鐵3號晚上傳來好消息，原本因強震阻斷的東部幹線，連假首日第一班車就恢復雙線通車。返鄉民眾說：「我現在還有一個(親戚)坐八點多的(火車)，我就帶我孫子(你們分開去這樣)，對對對因為沒有辦法全部訂到啊。」記者張至人說：「為了增加運輸的能量，交通部是規劃了從蘇澳港出發的藍色公路，來幫忙這些民眾來運送他們的車輛。」

不過蘇花公路還未搶通，要前往花蓮的車子，只能透過航港局調派的，台北快輪投入疏運，目前海運方案只載車不載人。航港局局長葉協隆說：「由接駁車將旅客由港口接駁到火車站，來協調到台鐵公司加開列車。」

至於受損嚴重的蘇花公路，目前仍積極搶修當中，其中以下清水橋的搶修，為重中之重，公路局計畫要建造臨時便道，4月6日完工讓小車使用，5月底增設貨櫃便橋讓大車通行，預計今年底復建完成，而中橫公路和台11線仍有多處阻斷，預估能在4月6日前修復完成。

總統蔡英文親自到台北車站防災中心，聽取台鐵高鐵和公路局的簡報，也感謝海運和空運協助，調派快輪增加航班，但昨(3)日原本要從台中飛花蓮的華信航班，卻無預警取消，疑似和空服員超時工作有關。交通部長王國材說：「因為現在整個清明的疏運，我們昨天(3日)也發現，就是在花蓮航空站的部分，有很多人在等，就特別趕快把鐵路趕快讓它雙線營運。」

花蓮強震各交通單位積極搶通疏運，高鐵在5小時紓解人潮，台鐵也迅速在16小時，恢復雙線通車，趕上連假首日，也讓著急的民眾能盡快返鄉。