本土猴痘例連環爆，由於根據國內現行規定，確診者必須在醫院隔離治療，一直到全身結痂都脫落才可以解隔離，相比鄰近國家新加坡14加7天，或是日本只要自主隔離21天，標準嚴格不少，因此有已經痊癒的病患控訴，當時在病房內被關了40天，相當崩潰，但對此疾管署也回應，採取這樣的做法，是因為猴痘必須傷口完全癒合才沒有傳染力，不過目前已經參考國外做法，將與專家一同召開會議討論，是否有鬆綁空間。

猴痘疫苗預約爆單，疾管署緊急增開院區施打，不過病例數連續增加之下，隔離制度引起爭議，一名自稱是台灣第2位境外移入猴痘病例的男子，在臉書發文描述自己從染疫到康復的過程，提到住院期間必須在一個密閉、無法開窗的病房內被隔離，他一隔就是40天，不只痛到得靠止痛針緩解病痛還得面對外界壓力。

原來根據國內規定，從被懷疑為疑似猴痘個案開始，就會被收治到具獨立衛浴的單人病室等待採檢，確診猴痘後，就必須在負壓病房內隔離，直到全身皮膚傷口的結痂完全脫落為止，台大兒童醫院感染科醫師黃立民說：「猴痘是要長出來的痘子，差不多都已經結痂脫落了，這時候就沒有傳染病毒，那一般是2到4週就可以，那會關到40天代表他可能免疫力比較差，脫落得很慢。」

比較鄰近國家做法，新加坡視個案狀況決定在醫院或指定處所與住家中隔離，隔離天數14天外加7天自主健康管理，韓國天數沒有明訂但輕症可返家隔離，日本則放得最寬，只建議自主隔離21天，台大兒童醫院感染科醫師黃立民說：「不過最好（隔離天數）還是有個上限，不要一直關下去，因為到最後那幾天，其實投資報酬率是越來越低，如果他就是會乖乖的待在家裡，也不會和人家接觸，那他也不會傳給別人。」

疾管署發言人羅一鈞說：「什麼樣的情形可以回家，怎麼樣的情形可以外出，我們需要研擬這些東西之後，去專家會議討論。」一開始美國CDC是這樣建議，已經在召集專家會針對天數跟隔離地點討論，擔心確診者長期與外界隔絕，身心壓力大，疾管署也表示一直都有安排相關精神治療，不過隨著猴痘病例數快速增加，是否可以兼顧防疫與患者身心，得看疾管署如何決策。