有航母殺手之稱的國產雄風三型超音速反艦飛彈，被爆出生產線上負責光學校正的經緯儀，竟然被送往中國山東維修，有參數外洩疑慮。中科院則發出聲明澄清，故障設備送修前就已經拆掉記憶卡，送回後也有做資安鑑定，沒有洩密疑慮。此外由中科院發包的營區監視系統也被爆使用中國製零件，軍事專家認為，雖然沒有洩密問題，但中科院業務涉及國家機密，對於任何設備的維修與零件都應該更加小心。

國產雄風三型超音速反艦飛彈，強大性能又被稱為航母殺手，是目前國軍的主力飛彈之一，不過中科院卻被爆出生產線上負責光學校正的經緯儀，被送往中國維修，引發飛彈關鍵參數外洩疑慮，中科院原本是想將故障的經緯儀送往瑞士原廠維修，卻直接被原廠轉送位於中國山東的亞洲維修中心，中科院發出聲明澄清，在送修前已經卸除記憶卡，設備送回後有進行資安鑑定，確定沒有遭植入惡意程式，無資安洩密疑慮。

全球防衛雜誌資深編輯宋玉寧說：「在事前是不是本來中科院，應該在這方面就該細心一點，那在維修上面，或者是採購上來講，事先就要稍微去防範，如果(會)有發生這種狀況，或者是說甚至來講，你在採購的時候，可能就要跟廠商說清楚。」曾參與雄三飛彈開發人員也私下透露，這款經緯儀只有輸出資料，不會儲存資訊，推測沒有資安外洩問題。

但中科院爭議不只一樁，發包的軍營監視系統也被爆使用中國零件，中科院再度澄清，監視器內的中國製元件不屬於關鍵零組件，沒有資安疑慮，全球防衛雜誌資深編輯宋玉寧說：「裝備已經拿到手之後，在安裝的時候，(中科院)可能都要事先想到是不是會有這種狀況。」雖然中科院強調沒有資安洩漏風險，但由於單位涉及國家機密在兩岸的緊蹦時刻，未來設備採購及維修得更小心。