中央流行疫情指揮中心從6月1日開始，在六都設置兒童疫苗大型接種站，要衝高並加快兒童疫苗施打率。但雲林縣、嘉義縣市、苗栗縣及南投縣，卻發生原訂要撥補的疫苗數量，被減少數量或「暫時不給」，讓縣市政府措手不及，因為學童打疫苗的計畫，已經安排下去，卻突然沒足夠的疫苗打，地方政府頭痛，民眾更是罵翻，雲林縣更有議員怒轟：六都的孩子重要，非六都的孩子就不重要。

各縣市陸續開打輝瑞BNT兒童疫苗，但非六都的縣市，卻接到中央通知，預計要撥補配發的疫苗，要暫緩或砍半了，雲林縣長張麗善說：「5600(劑)本來就已經答應了，那我要怎麼突然沒有這些疫苗。」張麗善接到消息，心急又苦惱，說中央原本預計要在5月30日撥5600劑疫苗，卻臨時抽掉3300劑，只給2300劑，衝擊校園造冊施打的計畫，雲林縣長張麗善說：「在六都要實施快打站，所以很多疫苗都被調撥過去。」雲林縣議員黃文祥說：「都市孩子比較寶貴，雲林縣的孩子就比較不重要。」

雲林縣議員抨擊，中央心態就像是六都的孩子是寶非六都的孩子像草，直呼不公平，南投縣的疫苗，則是原本要再撥補3000劑，結果整批取消，南投縣民說：「這樣子當然不OK，因為南投縣的縣民也是有繳稅。」南投縣民說：「他們老是說要超前部署，可是部署的結果，疫苗分配的不夠，然後要打又打不到。」

苗栗縣的，是中央要再給4千劑，後來在開打前抽掉1500劑，只給2500劑，縣府說這樣會不夠打，而嘉義市申請6100劑，也被通知抽單了，導致還有4千劑的差額，嘉義市民說：「疫苗不夠了還不發下來，還要變來變去變色龍。」嘉義市民說：「六都以外的孩子也要打疫苗。」非六都縣市的疫苗被調走，民眾怨氣沸騰，CDC就在疫情記者會上解釋，調查過各縣市的輝瑞BNT兒童疫苗需求，扣掉打過莫德納以及3個月內確診的孩童後，疫苗分配量大多數有達到95%以上，中央疫情指揮中心指揮官陳時中說：「沒有所謂抽單，再三跟各縣市政府來保證，如果他們還有需求，就趕快報上來，那所有需求我們都會滿足。」陳時中強調疫苗數量夠，所以縣市有需求，提出來就一定再給，也提醒各縣市要算好需要的疫苗量，過度存放會造成浪費。

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