對於第一劑接種AZ疫苗後，才發現自己懷孕的準媽媽該怎麼辦，第2劑疫苗該打什麼好？指揮中心公告，暫時不開放已經懷孕的孕婦混打疫苗，主要是目前沒有針對孕婦的混打試驗，並不確定混打後副作用對孕婦和胎兒的影響，專家則建議在避免染疫的利弊得失的情況下，建議按照指引繼續打同一個廠牌，指揮中心專家小組也會研議，未來如果BNT疫苗開放混打，會思考將孕婦納入規範。

對於準媽媽們來說，每打一劑疫苗都得要審慎評估，目前公認對孕婦而言，安全性最高的是MRNA的莫德納疫苗，但有位準媽媽7月中旬接種了第一劑AZ疫苗後，才發現自己懷孕。

但現行台灣的疫苗政策並沒有開放孕婦可混打，第2劑苗到底該怎麼辦，指揮中心專家小組委員李秉穎說：「AZ的腺病毒疫苗是一個活性的病毒，那活性的病毒它怕會影響到胎兒，不過我們知道說，AZ疫苗的腺病毒疫苗是不會複製的，所以孕婦我們現在看起來，是AZ疫苗跟打MRNA疫苗的安全顧慮，應該是差不多的。」

根據指揮中心公告，世界各國並沒有提供孕婦混打的實驗，並不確定混打後引起的副作用，是否會對母體和胎兒造成影響，對此專家也有不同看法，台大兒醫院長黃立民說：「這些腺病毒主要是在他的肺部，還有在他淋巴組織裡面，產生一些蛋白質而已，除非這個人產生腺病毒的血栓，不然的話他應該不會有太大的影響。」醫生會建議改打MRNA，因為雖然沒研究證實，但腺病毒疫苗會影響孕婦肺部。

小兒科診所醫師林應然說：「這到底可不可以(混打)莫德納，我覺得是可以的，不管AZ、莫德納、BNT疫苗或是高端疫苗，都算是死的疫苗，理論上它們是可以在懷孕的時間打的。」目前只有開放第一類對象，還有醫護人員混打暫不考慮孕婦，但未來隨著到貨量越來越多的BNT疫苗開放混打，是否會適用於孕婦還有待討論。