指揮中心現在想要力拚疫苗覆蓋率，不只廣設接種站，也結合各地方診所幫忙施打，不過現在卻引發基層診所醫生不滿，因為指揮中心說民眾打疫苗診所不得收掛號費，但是會給每劑100元行政處理費加上如果施打量夠大，會再給40塊補助金，就有板橋的診所無法接受直接拉下鐵門不打了，另外還有小兒科診所醫生說，6/15開打到現在，一毛錢都還沒收到。

診所門口搭起簡易小桌子，加派人力一邊協助民眾填資料，一邊照顧剛打完觀察中民眾，從疫苗開打診所每天都忙進忙出，但是中央祭出民眾打新冠疫苗全部免費，只提供基層診所，每劑疫苗100塊行政處理費，還有40塊的獎勵金也不能收掛號費，基層診所醫生說根本入不敷出，小兒科診所醫生林應然說：「不是你請客叫基層醫療院所去買單，打針的科別受傷很慘重欸，打針是哪些小兒科為主，耳鼻喉科家醫科真的是慘澹經營耶，到目前為止我們一毛錢都沒拿到。」

還要主動連繫預約民眾問診，打完還要逐筆填資料和上傳資料，遇到爽約民眾還要打電話給遞補的人，診所人員平均每天加班3小時，還有多聘1到2個人力，甚至打針的針筒都要自費購買，不收掛號費根本難以維生，板橋的張博揚小兒科，23日也直接拉下鐵門不營業，臉書上PO文說要和有預約打疫苗的民眾抱歉，還說陳時中打算賴帳，連原本說的40塊獎勵金，也是打的量很多才有獎勵，還在臉書上說因為談不攏，被片面停止配發疫苗。

新北衛生局疾管科長黃冠傑說：「近日經持續與該診所溝通無法達成共識，與中央研討後於7/21起暫停提供疫苗。」中央政策引發診所爭議，如果持續無法達成共識，恐怕疫苗接種率還沒達標，基層診所就先民怨四起。