針對有媒體質疑醫院通報死亡個案，和中央流行疫情指揮中心在記者會上報告的時間有落差一事，指揮中心發言人莊人祥澄清，經調查台北市立聯合醫院聯仁愛院區，結果發現其死亡通報作業，「並沒有如醫院所說的24小時內完成上傳」，而是死亡到通報上傳的時間大概差了3天，因此造成指揮中心最後公布死亡個案時有時間落差。

指揮中心：仁愛醫院「未於24小時內上傳死亡病例」

莊人祥表示，有關媒體報導稱北市聯醫仁愛醫院說，「5月15日到現在有24人染疫死亡，都是當天通報中央，院方也無法知道中央會把死亡人數歸類在哪天」，但這件事經過指揮中心抽查，結果卻發現該院並沒有如報導所說的在24小時內完成死亡病例上傳，而是死亡到通報上傳的時間大概差了3天，且目前還有6月1日、6月8日死亡案還沒上傳，此外，該院在上傳死者資訊時，也沒有在死亡欄位填寫死亡日期，因此最後造成死亡日與公布時間出現落差。

個案死亡公告有時間差？指揮中心說明通報流程

莊人祥指出，現行死亡個案的公布流程，原則上要請醫院或衛生局在24小時內，到傳染病通報系統上傳死亡日期及其診斷資料，接著指揮中心就蒐集來的死亡診斷、日期等資料公布，同時指揮中心也會請衛福部統計處就各地醫院通報的死亡檔案，抓有沒有漏網，所以有時候後面會看到比較早的死亡個案，這都是從衛福部統計處勾稽出來，並於第二天把資料彙整完成和公布的，時間約會落差兩、三天，藉此希望各醫療院所能特別協助，在24小時內完成死亡通報。