台中海巡隊員在臉書上發文抱怨，申請疫苗施打，但核發下來的對象除了第一線的岸巡隊，還有辦公室內的長官，反倒是會在海上和中國漁船接觸的基層海巡隊員沒在名單內。海巡署解釋，五月份申請打疫苗遭駁回，後來又在六月份跟著岸巡隊一起向衛生局申請，但因為送件時間比岸巡晚，才會造成誤會。海署強調，海巡隊員也都可以施打。

海巡隊員在船上準備出海，他們每天都有可能會接觸到中國漁船，為了隊員著想，台中海巡隊在五月向衛生所申請施打疫苗，但有隊員抱，核准後海巡隊卻一個人都沒打到。這名隊員在臉書說，6月14日配發的543位疫苗施打人數有岸巡、有署本部、有科室的人員，但就是沒有海巡人員。海巡人員 vs.記者：「(海巡隊的人到底打疫苗了沒有)，這個我不了解耶。」岸巡人員 vs. 記者：「(你打了嗎)我打了，(你大概什麼時候打的)昨天 (昨天打的)。」

海巡署艦隊分署回應，台中海巡隊五月的確有申請施打疫苗，但遭到衛生局駁回，六月又和岸巡隊一起申請，但因為遞件時間太晚，衛生局只核准岸巡隊的申請。」海巡署艦隊分署副分署長吳金河：「均符合中央流行疫情指揮中心核定之第二類施打對象，唯因海巡隊遞交名冊時間較晚，衛生單位依照名冊順序，核定兩梯次疫苗施打時間，並非刻意排除海巡隊。」

海巡署強調，絕對不是將第一線的海巡人員排除在外，而是申請的時間問題，為了保護海巡隊員，已經和醫院合作陸續讓隊員施打，目前有五成的隊員都已經施打。