監控共軍動態最高層級的「空軍作戰指揮部」，是空軍戰術及防空作戰的最高管制機構；不過，先前爆發6人染疫，讓空軍緊急在9日「封洞」進行清消，同時啟動備用作戰管制中心，繼續執行戰備任務，這也是71年來的首次。外界擔心，是否會影響空防戰務，空軍回應，「絕對不會影響」。

根據台灣西南空域臉書專頁統計，今年1月到6月，共機擾台架次達到311次。現在還傳出，負責監控共軍動態的空軍作戰指揮部，9日緊急「封洞」清消，也是71年來首次，因為先前作戰指揮爆發出6人確診，就怕戰備任務受影響，空軍也緊急啟動備用作戰管制中心。空軍司令部政戰主任陳國華說：「相關的作為人數的掌控，我們都遵照中央疫情指揮中心的指導，持續的強化我們的疫情防控，以及戰備的管制，當然不會受到影響。」

中華戰略學會研究員張競說：「空防陣地的轉換，要考量在戰時受到嚴重的戰損之後，仍然可以繼續做戰，就算今天是敵人發動了斬首戰，我們也不會因為沒有作戰指揮，而停止作戰。」空防是否受到影響，指揮管制秉持狡兔有三窟洞洞挑大梁，空防要考量戰時受到影響就算敵人發動斬首，也不會因為沒有作戰指揮而停止做戰而受到影響。

專家指出，戰備任務不會因為疫情而有所中斷，之後要進入戰管中心，都得持有3天內有效的PCR陰性報告。不過，讓國軍頭痛的，恐怕還有陸軍一名士官，利用休假期間，到養生館進行人與人的連結，甚至隔天還回營，讓全營「剉咧等」。陸軍六軍團政戰主任陳中吉說：「3號(利用)外膳的期間，涉足了不正當的場所，目前這位士官經過了快篩以後，他是屬於陰性，我們予以行政的重處，而且將來列為汰除的人員。」3國軍緊急懲處人員止血，畢竟疫情期間，任何可能造成染疫破口的行為，都是零容忍。