中央流行疫情指揮中心昨(1)日深夜發出新聞稿表示，連江縣政府5月31日與澎湖縣、金門縣政府6月1日逕為公告入境旅客接受COVID-19抗原快篩一事，此舉違反《傳染病防治法》第17條第1項及第37條第3項等相關法律規定，於中央流行疫情指揮中心成立期間，應依中央流行疫情指揮中心指揮官之指示辦理，已由衛生福利部依《行政程序法》第117條規定予以撤銷其公告。

指揮中心說明，為達防疫工作之事權統一，按《傳染病防治法》第17條第1項規定，中央主管機關經考量國内、外流行疫情嚴重程度，認有統籌各種資源、設備及整合相關機關(構)人員之必要時，得報請行政院同意成立中央流行疫情指揮中心，並指定人員擔任指揮官，統一指揮、督導及協調各級政府機關、公營事業、後備軍人組織、民間團體執行防疫工作；必要時，得協調國軍支援；同法第37條第3項規定，於中央流行疫情指揮中心成立期間,應依中央流行疫情指揮中心指揮官之指示辦理。

指揮中心指出，指揮中心前於今(110)年5月17日函請各地方政府，於嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心成立期間，務請遵循傳染病防治法相關規定程序公布防疫措施，若有需依《傳染病防治法》第37條第1項規定採行相關防疫措施，仍請地方政府遵循《傳染病防治法》第37條第3項規定，應依指揮官指示辦理，以利整體防疫業務之執行。又檢疫政策之決定依《傳染病防治法》第5條第1項第1款第1目之規定，是屬中央主管機關權責，地方政府應依中央主管機關之決策，始得據以執行，而指揮官近日也公開宣示：「中央決策、地方執行」，此乃權限分際的原則問題。

指揮中心強調，值此疫情嚴峻時刻，對國內跨縣市移動採取人員進出之管制作為，或要求民眾強制篩檢等，均屬全國一致性之重要政策，指揮官再三強調中央與地方應「標準一致、說法一致、腳步一致」防疫原則，且已建立全國疫情會議機制，統合協調，避免各自為政，致生雜沓混亂影響整體防疫，為統一事權並維護法制，不得不撤銷上開違法公告。該等縣政府如仍有地方防疫之特殊需求，請正式提出計畫報請指揮官指示辦理，以符合權責並完備法律程序。