馬偕醫院傳出院內感染，衛福部次長石崇良和台北市長柯文哲都否認這項傳言，表示馬偕之所以封鎖樓層，是在進行擴增病房的改建工程。不過有醫護人員向媒體爆料，指出院內N95口罩一人只發2個，還要求重複使用，防護設備相當簡陋，對此馬偕醫院回應，確實對口罩進行數量管控，但對於急診等前線人員不在此限，只要第一線醫護需要，防疫物資都足夠。

醫護人員穿著防護衣，協助一早前來馬偕醫院外等待快篩的民眾，外頭大排長龍人來人往，醫院裡頭卻傳出院內感染，衛福部次長石崇良30日親自回應，馬偕院內的確出現快篩陽性個案，但已經進行匡列，不過他否認院內感染的傳言，衛福部次長石崇良說：「因為馬偕醫院目前還沒有辦法達標，所以它正在封了2個樓層，主要是要擴充這個專責病房的房間數，所以那個不是因為有院內感染而封。」

指揮中心即日起，為了因應所有專責病房改以兩人一室為原則，若未達急性病房的總床數十分之一，將撤銷專責醫院的醫學中心資格，因此馬偕醫院正在進行病房整修，台北市長柯文哲說：「所以它封起來以為是什麼感染在趕病人，搞錯了這是馬偕醫院要把2層樓，轉成這個防疫專責病房，所以這個是一個假新聞。」

中央地方澄清馬偕感染消息，不過有醫護人員向平面媒體爆料，說醫護人員裝備不足負壓病房設備簡陋，甚至連保命的N95口罩一人只發2個，還要求重複使用，如果用不到8小時還要收起來下次再用，對此馬偕回應，院內N95口罩都是透過政府配發，確實對內部部分單位進行數量管控，不過針對急診防疫病房和負壓隔離病房的人員，都不在管控範圍，因此前線人員的物資是足夠的，至於其他疫調則不便說明，疫情緊繃醫療量能滿載是事實，醫護人員壓力倍增，任何風吹草動都不敢大意。